Tras su detención, Miguel Ángel Treviño Morales, alias Z-40, promovió cuatro amparos para protegerse de ser incomunicado, torturado o sometido a cualquier tipo de maltratos, de los cuales dos ya fueron admitidos y otro más rechazado.
La petición de los juicios de amparo se presentó ante el Juzgado Primero de Distrito de Amparo en Materia Penal del Distrito Federal contra cualquier orden ilegal de detención, incomunicación, retención, tortura, azotes y maltratos; se promovieron contra el Procurador General de la República, Jesús Murillo Karam; el titular la SEIDO, Rodrigo Archundia, y contra el subprocurador de la SEIDO.
Las solicitudes interpuestas contra los funcionarios de la SEIDO fueron admitidas, mientras que la solicitud de amparo contra el Procurador General de la República se rechazó ya que no fue ratificada.
Además se solicitó la protección de los datos personales del líder de Los Zetas, para que éstos no sean dados a conocer públicamente, y se denunció como ilegal la detención del capo por parte de la Secretaría de Marina (Semar).